Санкт-Петербургский филиал Института истории естествознания и техники им. С.И. Вавилова Российской академии наук (СПбФ ИИЕТ РАН) был основан 29 августа 1953 г. как Ленинградское отделение Института (ЛО ИИЕТ АН СССР). Его предшественниками были Комиссия по истории знаний (председатель В.И. Вернадский), Институт истории науки и техники (директор Н.И. Бухарин), Комиссия по истории АН СССР (председатель С.И. Вавилов), Музей М.В. Ломоносова (заведующий Р.И. Каплан-Ингель), Комиссия по истории физико-математических наук (председатели А.Н. Крылов, С.И. Вавилов и В.И. Смирнов), Комиссия по разработке научного наследия и изданию трудов М.В. Ломоносова (председатели Б.Д. Греков, Т.П. Кравец) и Комиссия по изучению научного наследия и изданию трудов Д.И. Менделеева (председатели А.Е. Фаворский, А.В. Топчиев). После непродолжительного существования в качестве Ленинградских секторов ИИЕТ АН СССР (1975–1978) в 1978 г. был воссоздан как Ленинградский отдел ИИЕТ. С 1991 г. переименован в Санкт-Петербургский филиал ИИЕТ РАН (СПбФ ИИЕТ РАН). Филиал в разные годы возглавляли: Б.В. Федоренко (1953–1955), П.П. Перфильев (1956–1962), А.В. Кольцов (1962–1967, 1972–1973), Ю.С. Мелещенко (1967–1972), Н.А. Толоконцев (1973–1975), Б.И. Иванов (1975–1978), Э.П. Карпеев (1978–1987), А.И. Мелуа (1987–1995), с 1995 г. Э.И. Колчинский. Учеными секретарями были: Б.В. Федоренко (1953–1958), Г.Е. Павлова (1958–1971), Б.И. Иванов (1971–1986), К.Г. Большакова (1986–1997), Т.И. Юсупова (1997–2013), с 2013 г. – Н.А. Ащеулова.

В Филиале работали выдающиеся ученые: историки Академии наук (А.В. Кольцов, Ю.Х. Копелевич, Т.Н. Кладо, В.Н. Макеева, Г.Е. Павлова, Е.В. Соболева); астрономии (А.Б. Кузнецова, Н.И. Невская); биологии (К.М. Завадский, И.И. Канаев, Д.В. Лебедев, Т.А. Лукина, Б.Е. Райков, З.М. Рубцова, П.П. Перфильев); географии (А.И. Андреев, И.Л. Клеопов, М.Г. Новлянская); физики (Я.Г. Дорфман, А.А. Елисеев, Б.Н. Окунев, М.И. Радовский; В.Л. Ченакал), математики (Е.П. Ожигова, Б.Н. Рымаренко); техники (Ф.Н. Загорский, И.Л. Значко-Яворский, А.П. Мандрыка, Б.А. Остроумов, Б.Н. Ржонсницкий), психологии (М.Г. Ярошевский), а также философы (Т.А. Горнштейн, Б.И. Козлов, Ю.С. Мелещенко, В.Н. Орлов, Н.К. Серов).

В настоящее время в состав Филиала входят 3 сектора (Истории Академии наук и научных учреждений, Истории эволюционной теории и экологии, Истории технических наук и инженерной деятельности), Центр социолого-науковедческих исследований и Группа по истории изучения Центральной Азии – Мемориальный музей путешественника П.К. Козлова. В Филиале есть библиотека, являющаяся структурным подразделением Библиотеки РАН. На 1 января 2013 г. работает 41 научный сотрудник, из них 12 докторов и 19 кандидатов наук.

Основными направлениями деятельности Филиала являются: история Академии наук и научных учреждений, история естествознания (эволюционной теории, экологии, генетики и прикладной биологии), социальная история науки, история изучения Центральной Азии, история и методология техники и инженерии, источниковедение, история античной науки, науковедение и социология науки.

Важнейшими достижениями Филиала советского периода было издание «Полного собрания сочинений М.В. Ломоносова» в 11 томах (1954–1983), двухтомной «Истории Академии наук СССР» (1958, 1964) и «Развития эволюционной теории в СССР» (1983).

Среди работ последних десятилетий наиболее значимые: «Stalinist science» Н.Я. Кременцова (1997), «Летопись РАН» (Тт. 1–4, 2000–2007), «Немцы в России» (12 томов, 1998–2012), «Академическая наука в Санкт-Петербурге в XVIII – XX веках» (2003), «Наука и кризисы» (2003), «Биология Германии и России – СССР» Э.И. Колчинского (2007), «Чарльз Дарвин и современная биология», «Полное собрание сочинений М.В. Ломоносова», 2-ое доп. и испр. изд. (Тт. 1–4, 9,10, 2011–2012), удостоенное премии АСКИ как лучшее издании 2012 г. по естественным, математическим и техническим наука, сборник «Ломоносов. Вып. X» (2011), «Биология в Санкт-Петербурге. Энциклопедический словарь» (2011), «Комиссии Академии наук в XVIII – XX веках. Исторические очерки» (2013).

Филиал издал рукописи научных трудов, дневники и письма: К.Э. фон Бэра, Н.И. Вавилова, К.Ф. Вольфа, А. фон Гумбольдта, Ч. Дарвина, Ж.Н. Делиля, Ф.Г. Добржанского, К.М. Завадского, И. Кеплера, С.В. Ковалевской, П.К. Козлова, Г.В. фон Лейбница, Н.И. Лобачевского, А.А. Любищева, Д.Г. Мессершмидта, П.С. Палласа, В.А. Стеклова, Г.В. Стеллера, Л. Эйлера, В.П. Эфроимсона и др. Сотрудниками Филиала опубликованы свыше 650 монографий и сборников о развитии биологии, астрономии, математики, географии, по истории техники, социологии науки и науковедению, о жизни и творчестве крупнейших ученых, о международных научных связях и др.

Важнейшими проектами, реализуемыми в настоящее время, являются: энциклопедический справочник «Наука в Санкт-Петербурге», «Научные учреждения Академии наук», «История науки в Санкт-Петербурге», «Взаимодействие фундаментальных и прикладных исследований в биологии», «Новые формы организации научной деятельности в институтах РАН», «Международная мобильность ученых», «Организация и развитие ракетно-космического комплекса в Ленинграде – Санкт-Петербурге», «История изучения Центральной Азии».

СПбФ ИИЕТ РАН поддерживает широкие международные контакты с более чем 190 научными учреждениями и университетами разных стран.

В соответствии с международными соглашениями ведутся исследования по проектам: «Сравнительное изучение истории Академий наук России и Китая», «Генштаб науки»: всестороннее исследование РАН/АН СССР», «Восприятие Ч. Дарвина в Европе», «Эволюционная теория между либерализмом, коммунизмом и национал-социализмом», «Русско-французские научные связи», «Русско-немецкие научные связи», «Лысенкоизм», «История прикладной биологии в Балтийском регионе», «Источники по истории Сибири и Аляски из российских архивов» и др. 15 сотрудников избраны членами различных международных обществ, шесть – членами редколлегий зарубежных журналов.

Петербуржцы участвуют во многих международных форумах по истории науки. Десятки ученых Филиала ежегодно выезжают за границу, они являются руководителями и исполнителями крупных международных проектов. За последние 15 лет на английском, немецком, китайском, японском и русском языках вышло около 70 книг – результатов совместных проектов c учеными Германии, США, Китая, Англии, Индии, Италии, Финляндии, Швейцарии, Швеции, Японии. Среди них наиболее крупными являются: «The Evolution of Theodosius Dobzhansky» (Princeton, 1994), «Немцы в России». Вып. 1-12 (СПб., 1998–2012), «Science and Society» (SPb., 2000); «Evolutionsbiologie von Darwin bis heute» (Berlin, 2000); «Im Dschungel der Macht: Intellektuelle Proffessionen unter Stalin und Hitler» (Gцttingen, 2000); «Darwin and Co. Eine Geschichte der Biologie in Portraits» (Bd. 1–2. München, 2001); «За железным занавесом: мифы и реалии советской науки» (СПб., 2002), «Politics and Science in Wartime. Comparative International Perspectives on the Kaiser Wilhelm Institute» (Washington, 2005), «Science and War» (Hiroshima, 2006); «Наука, техника и общество в Первой мировой войне» (СПб., 2007), «Реформы науки в России и Китае: Итоги и перспективы» (Пекин, 2005; СПб., 2009); «Reception of Darwin in Europa» (Vol. 1–2. London; New York, 2009); «Liberalizing Research in Science and Technology: Studies in Science Policy» (Kampur, 2009; SPb., 2010), «Чарльз Дарвин и современная биология» (СПб., 2010), «Создатели современного эволюционного синтеза» (2012), Еще 12 книг сотрудников СПбФ ИИЕТ изданы в США, Великобритании, Германии, Голландии и Индии. За последние 20 лет Филиал организовал более 60 крупных международных конференций.

СПбФ ИИЕТ РАН оказывает методическую, организаторскую и консультационную помощь в области истории науки в Северо-Западном регионе России и, являясь базовым учреждением для Санкт-Петербургского отделения Национального комитета по истории и философии науки и техники РАН, с 1996 г. ежегодно проводит конференции, в которых участвуют историки науки России и зарубежных стран.

Филиал издает серийные сборники и периодические издания: «Наука и техника: Вопросы истории и теории» (28 вып.); «Проблемы деятельности ученого и научных коллективов» (28 вып.); «Материалы к биобиблиографии историков науки» (10 вып.); «Эволюционная биология: история и теория» (9 вып.). С 2009 г. Филиал издает два журнала: «Историко-биологические исследования» и «Социология науки и технологий».